Die Gesamtanlage des heutigen Klosters hat eine fast 150jährige Tradition. Das Haupthaus wurde einst als Kurhaus, von der 1856 konstituierten "Wasserheilanstalt-Gesellschaft zu Johannisberg", errichtet.

Nachdem das Gelände einige Jahre ungenutzt war, bezogen Ordensfrauen der Benediktinerinnen - von der ewigen Anbetung - das frühere Sanatorium. Als selbständiges Priorat, der Benediktinerinnen vom hl. Sakrament, war es am 29. August 1907 ursprünglich vom Kloster Bonn-Endenich aus, in Niederlahnstein gegründet worden.
Nach dem Namen der dortigen Kirche nannte man es Johanniskloster.   

In Niederlahnstein hatte das Johanniskloster jedoch sehr häufig unter dem Hochwasser des Rheins gelitten. Auf Wunsch des damaligen Bischoffs verlegte man es, nachdem man lange Zeit vergeblich nach einem neuen Standort gesucht hatte, nach Johannisberg.

Im Jahr 1920, genauer am 28. August, bezogen die Schwestern ihr neues Kloster in dem allerdings noch eine Kirche fehlte. Deshalb wurde zunächst ein Saal vorübergehend für die Unterbringung des "Allerheiligsten" genutzt. Das bestehenden Gebäude wurde jedoch schon bald zu klein für die eintretenden "Postulantinnen".

Deshalb wurde 1923 zunächst der Ostflügel und 1926 der Westflügel um jeweils 1 Stockwerk erhöht. Im Jahr 1927 wurden hier 79 Schwestern verzeichnet.

So konnte erst am 30. September 1928 der Grundstein für die Kirche gelegt werden, die am 10. August 1929 von Bischof Hugo von Mainz konsektiert wurde. Das Gotteshaus wurde der Unbefleckten Empfängnis Mariä geweiht. Seitdem führte das Kloster den Titel: "Maria Immaculata".

Während des Rohstoffmangels im Zweiten Weltkrieg wurden, wie bereits in den Kriegen zuvor, vielerorts Glocken und Denkmäler eingeschmolzen. So wurde auch die Kirche des Klosters 1942 ihrer Glocken "beraubt". Im gleichen Jahr gab die erste Priorin des Klosters "Mutter Clara Fischenich" am 4. Juni ihr Amt an die bisherige Subpriorin "Mutter Xaveria Nußbaum" ab. Seit der Zerstörung der Johannisberger Schloss- und Pfarrkirche im August 1942 diente die "Unterkirche" des Klosters fast 10 Jahre lang der gesamten Pfarrgemeinde als Notkirche.1943 wurde auf Wunsch des Bischofs ein Altenheim außerhalb der Klausur eingerichtet. Das Altenheim wurde noch bis in die 80er Jahre des 20. Jahrhunderts betrieben.

In der Nacht vom 19. zum 20. Juli 1944 verursachte eine Luftmine, die in den nahe gelegenen Elsterbach fiel, im Kloster großen Sachschaden.

Nach Ende des Krieges erhielt die Kirche im Jahr 1948 wieder 3 Glocken.

Die Benediktinerinnen lebten in strenger Klausur. Die Aufgaben der Ordensgemeinde waren das tägliche, feierliche Gotteslob und die immerwährende Anbetung des allerheiligsten Sakramentes. Lediglich Schwestern, die Garten- und Feldarbeit leisteten, waren davon teilweise entbunden.
Die Haupteinnahmequellen des Klosters waren eine Hostienbäckerei, Paramentenstickereien und das Altersheim.

Mit Beginn der 60er Jahre wurden auch einige Weinberge angelegt, die vom Schloss Johannisberg bewirtschaftet wurden.

Wegen Überalterung und Nachwuchsmangel musste das Kloster gegen Ende des 20. Jahrhunderts aufgelöst werden. 1991 haben die Nonnen das Kloster verlassen.

Nach einer großzügigen Renovierung durch das Bistum Limburg und die örtliche Pfarrgemeinde zogen 1993 die Schwestern der Steyler Mission in das Kloster und boten dort Raum für für geistige und kulturelle Veranstaltungen sowie die Gelegenheit zu Übernachtungen in Klosteratmosphäre.

1996 wurde hier auch das neue und moderne Kath. Pfarrzentrum in der früheren "Unterkirche" des Klosters untergebracht. Zum Jahresende 2004 verließen auch die "Styler Schwestern" Johannisberg und das ehemalige Kurgebäude.

Im Früjahr 2006 eröffnet an dieser Stelle das Hotel "Kloster Johannisberg".   

Damit kann nun an die historische Zweckbestimmung der Gebäudes angeknüpft werden.